Intitolato a Giuseppe Andreassi, direttore del museo e dell’area archeologica dal 1976 al 1985 e Soprintendente per i beni archeologici della Puglia dal 1990 al 2009, sorge all’esterno delle mura di cinta dell’antica Gnathia, nell’area della necropoli messapica. Il nuovo allestimento, inaugurato il 25 luglio 2013, costituito da tredici sale, inizia con la storia delle attività di ricerca archeologica e di valorizzazione ad Egnazia e ripercorre i trenta secoli di storia dell’importante insediamento dell’età del bronzo e messapico, città romana e sede vescovile in età tardoantica, attraverso l’eccezionale ricchezza dei reperti esposti e l’apparato illustrativo di particolare suggestione.

Il Museo è sede espositiva ed anche ufficio del Polo Museale della Puglia.

Presso la struttura, oltre agli uffici di direzione e segreteria, hanno sede il laboratorio di restauro, l’ufficio tecnico, l’ufficio catalogo, la biblioteca, il Servizio Educativo.