L’area tradizionalmente indicata come ‘acropoli’ è un ampio pianoro lievemente sopraelevato rispetto al resto della città, proteso nell’Adriatico fra due insenature naturali. Al suo interno si sovrappongono le fasi della storia millenaria di Egnazia, dal villaggio fortificato dell’età del Bronzo fino all’abbandono nel Medioevo. Alle tracce dell’abitato protostorico seguono, dal VI secolo a.C., le strutture di diversi edifici di culto che connotano la funzione religiosa di quest’area fino all’età di Traiano, quando al centro del pianoro viene costruito un grande santuario. Trasformata in età tardoantica, l’acropoli viene fortificata dai Bizantini e dopo il VI secolo d.C., accoglie l’abitato all’interno di una nuova cinta muraria, dove si sviluppa senza un progetto ordinato anche il villaggio di età medievale, attivo fino al XIII secolo.