Egnazia si trova al limite tra la Messapia, che corrisponde alla Puglia meridionale, e la Peucezia, che interessa la parte centrale della regione, configurandosi come area culturale di confine. A partire dal VI secolo a.C., l’insediamento oltrepassa i limiti dell’acropoli, sede dell’abitato più antico, e si articola in nuclei di capanne, con aree funerarie annesse, distribuiti sulla superficie che sarà occupata dalla futura città.

Sull’acropoli permane il nucleo riferibile ai gruppi familiari emergenti che accoglie, nella zona centrale, un’area sacra destinata a divenire uno dei luoghi di culto più importanti in età romana. Gli spazi abitativi includono anche impianti artigianali, come le due fornaci per la ceramica che sulla scogliera non sono ancora state compromesse dall’azione del mare. Lo scalo marittimo utilizza le insenature ai piedi dell’acropoli e registra scambi soprattutto con la Grecia.

Egnazia diviene città alla fine del IV secolo a.C., quando l’abitato, esteso su una superficie di 140 ettari circa, viene incluso in una fortificazione ampia circa due chilometri. La cinta muraria, eretta anche a scopo difensivo nel difficile periodo di scontri tra Taranto e i Lucani, è rinforzata nel III secolo a.C., con il raddoppiamento della cortina muraria e con un nuovo e più largo fossato. L’estremità settentrionale della nuova struttura, tradizionalmente detta ‘muraglione’ e protesa oggi nel mare, conserva poco meno dell’altezza originaria di otto metri. Pure si conservano altri tratti lungo la strada delle Carceri, da cui si accede al Parco archeologico, oltre alle strutture individuate presso la Masseria Cimino, ora incluse nel percorso di visita.

Con la formazione della città, ai piedi dell’acropoli si imposta una vasta area pubblica con una piazza in terra battuta, definita da bordi lastricati, che in età romana è destinata a mercato ed è monumentalizzata con portici.

All’interno del circuito, ai nuclei abitativi principali, ancora di tipo sparso, sono collegate una necropoli lungo la costa e sepolture rinvenute in diversi punti tra l’area pubblica e le mura, spesso tombe a camera con pitture di pregio e ricchi corredi, espressione del ceto dirigente locale. All’esterno delle mura, in questo periodo vengono realizzate due ampie necropoli che, in base alla posizione rispetto alla cinta difensiva, sono note come necropoli occidentale e necropoli meridionale. Si tratta degli spazi funerari che restano attivi e si ampliano in età romana e tardoantica, quando non fu consentito seppellire i defunti all’interno del circuito murario.