Tra il II secolo a.C. e il I secolo d.C. la città viene disegnata secondo un progetto unitario che ne segna il paesaggio fino al suo abbandono. La nuova forma urbana organizza la rete stradale con gli isolati e gli edifici che caratterizzano una città romana, costruiti soprattutto nel periodo della guerra tra Ottaviano e Marco Antonio e al tempo del principato di Augusto. Un’iscrizione ricorda il patronato concesso da Egnazia al condottiero e genero dell’imperatore Marco Vipsanio Agrippa, verosimilmente per il sostegno offerto nella realizzazione di infrastrutture militari strategiche come il porto, che conserva tuttora, anche se in parte sommerse, le strutture di ancoraggio del bacino subito a Nord dell’acropoli.

Al centro dell’acropoli, in un’area sacra già frequentata, viene costruito un tempio, probabilmente il più antico della città, dedicato forse a Venere. Nel settore compreso tra l’acropoli e il tracciato della via Minucia, in seguito ripreso dalla via Traiana, sono allineati i monumenti più importanti, tutti serviti dal decumano della città: la piazza del mercato e l’area del foro, centro della vita collettiva, in cui rientrano la basilica civile, sede del tribunale, le terme e un edificio da poco individuato, caratterizzato da un’imponente pianta longitudinale chiusa da un’abside quadrangolare.

Sul lato opposto della strada, ampi isolati accolgono le abitazioni e gli impianti artigianali, come quello dei tintori laddove, nel periodo tardoantico, si costruisce la basilica episcopale.

Sempre nella zona meridionale un ampio portico sotterraneo a quattro bracci è quanto rimane di un imponente complesso pubblico, con ogni probabilità religioso, caratterizzato forse in superficie da un portico della stessa forma con un tempio al centro.

Agli inizi del II secolo d.C. la costruzione della via Traiana aumenta la mobilità di merci e di truppe e potenzia il tenore della città, favorendo un’ulteriore riqualificazione del tessuto urbano. Si ristrutturano gli edifici prospettanti sulla strada, il santuario dell’acropoli acquista monumentalità e un’area sacra alle divinità orientali si inserisce nel cuore dello spazio pubblico, segno dell’ampia diffusione in città dei nuovi culti venuti dal mare. Il santuario comprende il tempio di Cibele, il sacello in onore di Attis e l’ampio recinto ellittico, detto ‘anfiteatro’, destinato alle rappresentazioni che animavano i sacri riti.

Alle pratiche funerarie sono riservate solo le necropoli occidentale e meridionale, già attive all’esterno delle mura.